威斯克见这么多防御手段都没能阻挡爱丽丝，便决定提前启动唤醒程序。此时的爱丽丝已经来到了死亡走廊，她曾亲眼看到走廊里的死亡光束将人切割成数块。在走廊尽头，意外找到十年前突击队留下的武器。她随手递给道格一把MP5冲锋枪，随后乘升降台前往主控室。当爱丽丝来到主控室时，她惊讶的看到双手健全的艾萨克博士就坐在主控台前。艾萨克手中握着装有解药的瓶子，如果他将瓶子在这里摔碎，解药根本无法在剩下的几分钟内到达地面上的最后人类定居点。
爱丽丝不得不放下手中的武器，站在她身后的道格却没有。道格就是保护伞公司安插在定居点的间谍，他想开枪射杀爱丽丝却没有成功。当他安然无恙的出现在爱丽丝身后时，爱丽丝就怀疑他是间谍，给他的枪里根本就没有子弹。这时，克莱尔也被威斯克抓到了主控室，知道了道格的真正身份。陷入绝境的爱丽丝仔细观察四周，想尽量利用周围的物件偷袭艾萨克，夺到解药。可她想不到的是，艾萨克植入了战斗预测芯片，对她的行为早有预判。立于不败之地的艾萨克并不急于杀死爱丽丝，就像猫捉老鼠一样，他要从精神上打击爱丽丝。
艾萨克介绍了一位朋友给爱丽丝，刚从低温冷藏箱中苏醒，坐着轮椅来到主控室的爱丽莎。T-病毒治愈了爱丽莎，却没有恢复她的青春。她拖着90岁的身体，进入了保护伞公司的董事会。艾萨克用爱丽莎的DNA克隆出了爱丽丝，这也就是爱丽丝的记忆始于十年前的原因。同样，眼前的艾萨克才是真正的本体，被爱丽丝斩断右手的艾萨克只是他的克隆体之一。一直以为是因为感染了T-病毒才失去童年记忆、不记得父母的模样，爱丽丝此时才明白自己只不过是个做了修正的复制品。但时间已容不得她沮丧，爱丽莎将当年的会议录像上传给“红后”就是希望她用健康的身体拯救人类。现在是最后时刻，爱丽莎以董事身份口头解雇了威斯克，“红后”立刻启动威斯克身后的闸门，将威斯克死死压在闸门下。爱丽丝也顺势打倒道格，将他交给克莱尔处理。转眼就失去了两名手下，艾萨克带着解药逃离了主控室。在“红后”的协助下，爱丽丝和克莱尔抄近道追赶，终于在升降台找到了艾萨克。可是有战斗预测芯片帮助的艾萨克占据上风，爱丽丝和克莱尔几乎没有还手之力。升降台到达了死亡走廊，艾萨克将爱丽丝推了进去，并启动死亡光束。见爱丽丝敏捷的躲开数道光束，艾萨克亲自上阵。战斗预测芯片能预测爱丽丝的动作和光束行进路线，为艾萨克设计出最佳的反击手段，但它无法预测到爱丽丝的小动作。
就在艾萨克制服爱丽丝，抓住她的左手划过死亡光束时，爱丽丝的右手却偷偷在艾萨克的口袋里放了一枚微型手雷。手雷不会致命，但足以让艾萨克失去意识。爱丽丝拿着解药来到深坑外，在最后一分钟将装有解药的小瓶丢了出去。可她没想到艾萨克的战斗预测芯片还有生命维持功能，检测到主体生命垂危，就会自动施放肾上腺素。艾萨克伸手抓住小瓶，以为稳操胜券。可此时他的克隆体，断了右手的艾萨克领着大批僵尸冲了过来。克隆体无法接受自己只是个复制品的现实，手中的刀疯狂的刺向自己的本体。他的信仰崩塌了，已感觉不到被僵尸撕咬的疼痛。艾萨克终于作茧自缚，死在自己精心策划的大清洗之中。爱丽丝摔碎了瓶子，解药随风散去。蜂拥而来的僵尸如倒伏的麦浪，成片的倒了下去。
天亮了，倒在僵尸堆中的爱丽丝被克莱尔唤醒。她带来了“红后”的留言，因艾萨克死亡，“红后”再次掌握了保护伞公司的控制权，对最后定居点的进攻已经取消。解药杀死的仅是体内的T-病毒，并不会伤害健康细胞。现在爱丽丝是个健康人类，而爱丽莎在“蜂窝”爆炸前提取了自己的童年记忆，这些记忆是她赠与爱丽丝的礼物，希望爱丽丝能代替她生活在这个世界上。爱丽丝接受了爱丽莎的礼物，成为拥有完整记忆的人类。虽然解药已被施放，但需几年才能传播到世界各个角落。这段时间里仍有变种生物存在，在彻底消灭他们之前，爱丽丝的故事不会结束。