在第二季结尾，克拉克因为想摆脱生父乔艾尔的控制，逃避自己的命运而离开小镇，来到大都会用红氪石放逐自己!!在这季中，强纳森为了帮助克拉克找回自己，把他带回小镇，与乔艾尔订下契约，那就是与克拉克团聚后，将克拉克送回给乔艾尔进行训练!!克拉克无意中从拉娜亲戚朋友的年轻故事、以及乔艾尔在卡瓦契洞穴留下的物品，意外发现到乔艾尔曾经来过小镇进行成年仪式的试炼，当时甚至和爷爷海南肯特认识，因此认为自己来到小镇、被肯特家收养，不是巧合，是刻意安排的!!路德父子之间的关系开始分裂，但两人还是持续探索著克拉克的秘密；莱纳对卡瓦契洞穴感到兴趣，莱克斯也私底下在调查克拉克的秘密，却被克拉克发现，再加上莱克斯也对拉娜产生了淡淡的感觉，使得两人的友谊产生了变化!!莱纳年轻时犯下的恶行被克洛伊揭开，幕后的委托人竟然是自己的儿子莱克斯，因此打算进行复仇。乔艾尔发现强纳森帮助克拉克逃避自己的命运，不肯接受自己的使命，于是派出假kara，带克拉克回来进行试炼，重新寻找自己来到地球上的使命!!