在茫茫宇宙的某个世界“魔法仙境”里，善良和邪恶势力进行斗争，在这个奇幻世界中，存在仙灵（winx）、女巫（witch）、小精灵（pixie）、一般人类以及许多其它各式各样的种族或专业。身为故事主线角色的仙子们平时住在艾菲城学院内相处、学习，处理恋爱上的问题，还要在各种邪恶势力造成威胁的时候挺身奋战…… 住在地球花园市的一个平凡女孩“蕾儿”，在因缘之下认识了一位仙子丝黛娜之后，进入魔法仙境的艾菲城学院就读，在那里结交了几位仙子朋友，并共同成立了“神奇仙子”。一开始来自黑云塔学院的三妖后原本主要找神奇仙子麻烦，红山泉学院的男角色也相继出现。蕾儿逐渐发现自己的身世，并得知自己是神龙圣火的守护天女。 三妖后自从被逐出黑云塔学院以后找到机会对蕾儿下手，夺走神龙圣火之力，召唤魔物大军席卷整个魔法仙境。蕾儿恢复法力，和神奇仙子同伴们阻止三妖后，最终击败三妖后夺回神龙圣火化解危机。