清朝末年，面对时代洪流，弃旧立新似是当前大势，作为末代御医，救得了皇帝性命，却无力主宰国家兴亡！戊戌变法失败，光绪被囚于瀛台，慈禧太后再次垂帘听政。北京城内一位医师杜仲（郭晋安饰），生性自负，恃才傲物，对到来求医之达官贵人也不屑逢迎，不时摆出臭脸，却因医术高明反而得到一众权贵青睐。其时慈禧太后(罗兰饰)身染怪病，杜仲奉命入宫，凭着敏锐触觉迅速治好之。慈禧对杜仲大为欣赏，破格封杜仲为御医。杜仲进入太医院后，获指派专责宫中奇难杂症，凭着天赋一一拆解悬案。其后，杜仲又因揭破皇帝光绪（敖嘉年饰）遭人慢性下毒，得到皇上的信任。杜仲发觉光绪实是有为君主，可惜处处受人制肘，有志难伸，遂设法令他重新振作，自己却不自觉卷入连场政治风暴……