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收起由于弥赛亚要塞的出现，令奥布陷入了随时可能遭受到毁灭性打击的危险境地。基拉不得不让阿斯兰和大天使号先行一步摧毁镇魂曲，由自己和永恒号来牵制ZAFT军。
雷让真去追赶阿斯兰，决意自己独自和基拉做一了断。在和传奇高达的战斗中，基拉竟然感应到了与克鲁泽一样的信息，不禁大惊失色。
密涅瓦号赶上了大天使号，两舰终于展开了最后的宿命对决。混战中，阿斯兰遇上了驾驶着脉动高达的露娜玛丽亚。露娜玛丽亚不顾阿斯兰的劝阻，执意对其进行攻击，结果脉动高达反被击伤。见此情景，真愤怒地发动了种能力，与阿斯兰战在一处。
与克鲁泽同样是克隆体的雷向基拉表示自己就是克鲁泽，并以猛烈的炮火宣泄出对基拉这个最优秀的新人类无尽的憎恨；然而基拉却否认了雷的观点，认为每个人的存在都是不可替代的唯一。雷的心灵因基拉的话语而受到强烈的冲击，传奇高达也因此被强袭自由高达的炮火击中。
另一方面，阿斯兰和真的战斗也终于分出了胜负，命运高达大破，与脉动高达一起降到了月面上。惨烈的战斗仍在继续，密涅瓦号受到了大天使号的近距离直击，并被无限正义高达破坏了主推进器，被迫坠落至月面。
新创世纪再度发射，镇魂曲也将目标设定为奥布。万分危急的时刻，阿斯兰和穆强行突入镇魂曲内部将其破坏，基拉也开始使用流星系统重创弥赛亚要塞。
真从昏迷中醒来，所见的却是镇魂曲的毁灭和即将消亡的弥赛亚要塞，失去信念依托的他在露娜玛丽亚的怀里痛哭不已。
基拉独身一人进入弥赛亚要塞的指挥部，在那里等待着他的正是杜朗达尔。就在持枪相向的两人以各自的理念发生激烈碰撞的时候，雷和塔丽亚也先后来到了这里。枪声响起，杜朗达尔倒了下去，然而开枪的却是被基拉的话所打动而不愿没有明天的雷……塔丽亚让基拉迅速撤出即将爆炸的弥赛亚要塞，自己则留下来陪伴杜朗达尔和雷。
在众人的注视下，弥赛亚要塞永远地消失了；宇宙中满目间只剩下无数的残骸，仿佛在诉说着什么……
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