本片讲述了五彩龙在正气城意外打开了百病邪魔的封印。为了阻止百病邪魔传播疾病祸害人间，五彩龙和精通中药的玉兔、熟读医书的书虫、擅长匠造的鲁小凡一起进入了中医世界，踏上了寻找药杵、药葫芦、针灸铜人、《养生功法图》和《黄帝内经》五样中医神器之路。一路上五彩龙和伙伴们用学到的中医知识解决了重重困难，他们之间也建立了深厚的友情，并理解了中医的真谛。